Он просто испугался и ему неприятно, вот и кричит и вырывается (потому что ему удаётся этим прекратить процедуру). Попробуйте приучать потихоньку. Вначале теплой водой из лейки, каждый день, допустим перед кормлением. Ставьте миску и если щенок ведет себя хорошо и тихо "под душем" - хвалите и отпускайте к миске. Пусть поймёт что чем спокойнее себя ведёт - тем быстрее закончится процедура. Подумайте так же, что может его пугать - напор воды, шум насоса, температура воды? Возможно, что то можно подрегулировать из того, что его пугает.
Border Collie... Brains Before Beauty...